Vakıf Gureba Eğitim ve Araştırma  Hastanesi, Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak çalışan ve hem kamu statüsünde olup, hem de Sağlık Bakanlığı, Üniversite veya Belediye'ye bağlı  olmayan ülkemizdeki tek hastanedir. Hastanenin yönetim yapısında, işletme ve tıbbi hizmetler olarak iki ayrı organizasyonu iç içe geçmiş durumdadır. Başhekim hem tıbbi hizmetlerin, hem de işletme organizasyonunun birinci derecede yetkilisi olarak her ikisinin de merkezini teşkil etmektedir. Başhekime bağlı ve onun verdiği görevleri onun adına yürütmekle görevli bulunan başhekim yardımcılarına ek olarak,  tıbbi organizasyonun üst yönetim kademesinde klinik şefleri bulunmaktadır. Klinik şefleri hem ayaktan, hem de yatan hastaların branşları ile ilgili sorumluluklarını taşımaktan başka, klinikler çapında başhekimin idari yetkilisi gibi de görev yapmaktadır. Klinik şeflerinin tıbbı hizmet organizasyonu ve sunumu yanında kliniğin eğitim ve araştırma fonksiyonlarını yönetmek görevi de bulunmaktadır. Klinik şef yardımcıları hem klinik  hizmetlerin yönetiminde, hem de eğitim ve araştırma fonksiyonlarının yerine getirilmesinde şefin verdiği görevleri yapmakla yükümlü  klinik yöneticileridir.
Tıbbi hizmetlerin hekimlik uygulamaları dışında kalan diğer önemli kısmı hemşirelik hizmetleridir. Hastanede hekimlik hizmetlerinin organizasyonuna paralel şekillenen hemşirelik uygulamalarının organizasyonu ve yönetiminden başhemşire sorumludur. Başhemşire hastanenin bütün tıbbi hizmet birimlerinde hemşirelik hizmetlerinin hekimlik hizmetlerine entegrasyonunu ve bakım hizmetlerinin yürütülmesini sağlamakla yükümlüdür. Başhemşireye görevlerinde başhemşire yardımcıları destek verirler. Kliniklerde hemşirelerin birinci derecede sorumlu oldukları başhemşire yanında matris bir yapının gereği olarak kliniğin yöneticilerinin organizasyonuna da tabi olması gerekmektedir. Başhemşire yardımcıları, başhemşirenin kendilerine verdiği görevleri yerine getirmekle sorumludur.
Başhekimin işletme organizasyonun birinci derecede sorumlu olduğu bir yapılanma içinde fiili olarak işletmenin yönetiminde iki önemli yönetim pozisyonu bulunmaktadır. Bunlar Hastane Müdürlüğü ve Hastane  Saymanlık  Müdürlüğü'dür.

Hastane Müdürü, işletmenin tıbbi olmayan yönetim fonksiyonlarında saymanlık  uygulamalarının dışında kalan bütün kısımlarda başhekime karşı sorumlu olan en üst düzey işletme yöneticisidir.  Kuruluşun fiziki mekanlarının, insan kaynaklarının, lojistik hizmetlerinin, teknik hizmetlerin  ve satınalmanın yer aldığı işletme yönetimi faaliyetleri  hastane müdürü eli ile yürütülür. Hastane Müdürüne  bu görevlerinde müdür yardımcısı destek verir.  Hastane müdür yardımcısı, müdürün kendisine verdiği görevleri yerine getirmekle yükümlü ve müdüre karşı sorumludur.
Saymanlık Müdürü hastane döner sermayesinin mali işlemlerini ve muhasebe işlemlerini mevzuatta belirtilen usullere uygun biçimde yapmak ve yaptırmaktan, yönetmelikte  belirtilen defter ve kayıtları tutmaktan ve döner sermaye çatısı altında görevlileri hastanenin genel ilke ve kuralları ile uyumlu şekilde  çalışır halde tutmaktan sorumludur. Hastane saymanlık müdürü doğrudan başhekime bağlı çalışmaktadır.
Hastanede başhekime görevlerinde yardım etmek üzere 7 adet başhekim yardımcılığı ihdas edilmiştir. Bu başhekim yardımcılarının spesifik görevleri başhekimin yayınladığı görevlendirme talimatı ile şekillenmektedir.  Dönem dönem iş yoğunluğuna bağlı olarak ve başhekim yardımcılarının performansı dikkate alınarak başhekim yardımcılarının görev alanları birinden diğerine kaydırılabilir.  Ana hatları ile başhekim adına aşağıdaki hizmet alanlarında başhekim yardımcıları kendisine destek vermektedir:

Kurumsal gelişim ve strateji geliştirme faaliyetleri

Dahili, cerrahi ve laboratuar  branşlarında rutin hizmetler ile acil servis, ameliyathane,  yoğun bakım üniteleri gibi kritik hizmet noktalarının organizasyonu ve yönetimi

Sağlık kurulu ve faaliyetlerinin yönetimi

Hastanede faaliyet gösteren komite ve komisyonların yönetimi

VIP hizmetlerinin organizasyon ve yönetimi

Hastanenin kontrat bazlı satın aldığı  bütün hizmetlerin kontrata   uygun şekilde hastaneye sağlandığını izleme ve denetleme

Hastane bilişim hizmetleri ve hastane otomasyonu faaliyetleri

İnsan kaynaklarının yönetimi

Oryantasyon ve hizmetiçi eğitimleri

Eczane ve eczacılık  hizmetlerinin yönetimi.

Diyetetik

Başhekimin, başhekim yardımcıları eli ile yürüttüğü bu yönetim faaliyetleri yanında doğrudan kendisine bağlı çalışan Döner Sermaye İşletme yönetim kurulu(DSİ), basın ve halkla ilişkiler, bilişim hizmetleri, hukuk müşavirliği, kalite koordinatörlüğü ve hastanede görev yapan yönetim ve eğitim danışmanlarının belirlenen çerçevede çalıştığı ve iş ürettiğini izleyip değerlendirmek  görevi vardır.

Başhemşire ve hastane müdürü, yardımcılarına hangi görevlerini yönetme yükümlülüğünü devrettiğine ilişkin  görevlendirme talimatnamesi yayınlar  ve birden çok yardımcısı bulunduğunda sorumluluk alanlarını netleştirecek bölümlendirme yapar.